日本当局宣传图片之一：（1937年12月17日）日本兵在南京街头购物（《朝日新聞》，1938年1月12日） 日本当局宣传图片之二：「アサヒグラフ」[95]日本軍衛生班為南京避難民地区的中国人治療（南京避難民地区の中国人に施療を行う日本軍衛生班，《朝日新聞》，1938年1月19日） 图为广田电报。1938年初，日本外相广田弘毅签发给日本驻美大使馆的密电电文，含有“日军至少屠杀了30万中国平民，许多是残忍方式的杀戮”的内容[96]。一说认为电文是日本政府所作；一说认为是转发了被日本当局查没的《曼彻斯特导报》驻华记者田伯烈的新闻稿。
战时日本政府的新闻粉飾
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日本政府对日本国内媒体施行严格的新闻审查，回国的日本官兵也被命令对在战争中的罪行禁口，这使得相当部分日本国内民众在敗戰之前，都难以了解與紀錄南京大屠杀的详情。战争當時為合理化經濟受圍堵並抹黑中國與西方，以獲得民眾對戰爭的容忍[97][98]，從1937年12月13日攻占南京後屠杀情況开始持续的6周期間，卻是張燈結彩地宣傳日軍是順利地進入南京，並慶祝協助中國人「推翻」所謂的暴戾國民政府，此外如帕奈號事件發生時，日本也存在曾對此道歉或民眾捐款給中國等行為，基於帝國政府製造的意識形態立場[99][100][101]，在佔領地上曾發生過的激烈反抗和社會破壞的事實明顯與之矛盾，因此需要對民眾系統性地掩蓋與全面隱瞞戰爭過程。[102][103][104]但是，随着有更多的战时退伍兵返回等情况的变化，來自南京的負面評價口耳相傳，在日本主流媒体之外得以小範圍地传播並被證人們所記住[105]。
日本发动全面侵华战争之后，日本媒体随军记者发出戰果的稿件和照片，都要经过日本军方和当局的严密审查，凡是認為对军方宣傳口徑不利的一律没收，违规發出的记者要受严厉处罚[106]。《读卖新闻》随军记者小俣行男说：“在战场上听到的尽是一些见不得人的暴行，但这些事是绝对不能写的。只让写些什么在战场上邂逅的友情和前后方的佳话等，这类军中的所谓美谈。”[107]:11《中央公论》特派记者石川达三在南京大屠杀期间跟随第16师团进行实地采访，針對這些內部醜聞，写成报告文学《活着的士兵》。杂志社删节四分之一内容后送审，仍被日本政府查禁。石川还被当局以“将虚构作为事实，紊乱安宁秩序”的理由被处以监禁缓刑[108]，编辑和发行人也被处罚。从此战争中日本记者再没有辦法对日军在南京的不正常行為進行監督[106]。日本传媒还被严厉禁止转载中国及西方媒体对南京大屠杀的报道，南京被日本报纸粉饰为安宁祥和的地方[109]。
除了防范新闻媒体以外泄露出日军在中国的犯案過程，南京战役后回国的日本官兵也被禁口。見證过南京暴行的日军士兵曾根一夫后来说：
“
为了不使军队在战地的恶的一面让国民知道，在强化新闻管制的同时，对在战地的士兵的泄漏严密封锁。南京攻击战结束后，部分老兵返回国内时就曾被禁口。我也是昭和十五年（1938年）秋返回国内的，在离开所属部队之际，被告诫‘诸位回到国内，征召解除就成了地方百姓了，但作为军人的名誉是值得自豪的，而有污皇军体面的事绝对不许外传。’这是烦琐的说法，要而言之就是‘即使回到国内，离开军队，在战场幹的坏事也绝对不许说’[110]。
”
因為涉及軍事機密，日本记者发回国的照片都要接受审查 日本国内充斥占领南京的报捷海报，在戰時管制下，讀者往往無法得知真實情況 当时在上海发行的英文报纸《密勒士评论报》揭露日军在南京的暴行
對現今日本的影響
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笠原十九司著书《南京事件》中“遭日军绑架的中国妇女”为题的照片。这张照片最早出现于1937年的日本《朝日画报》里，内容是在日军占领下与中国村民和平共处的一幕，但被中国国民政府军事委员会政治部用于反日宣传
日本学者笠原十九司在1997年11月出版的《南京事件》一书中以“遭日军绑架的中国妇女”为题使用了这张照片。次年，日本右翼历史学者秦郁彦在多家历史右翼刊物刊文，指责笠原十九司以及当年的中国国民政府军事委员会政治部在使用这张照片上恶意歪曲事实，理由是使用者们配置了不同于照片摄影者（或首发刊物的编辑）配置的说明。这张照片原载于1937年11月10日出版的日本《朝日俱乐部》周刊，由朝日新闻社摄影记者熊崎玉树（熊崎玉樹）在中国江苏省宝山县盛家桥（现上海市宝山区盛桥地区）拍摄，原标题为“在我军的援助下干完农活后返回村落的日之丸村的妇女和孩子们（我が兵に援けられて野良仕事より部落へかへる日の丸部落の女子供の群れ）”。1938年，中国国民政府军事委员会政治部出版发行的《日寇暴行实录》刊载此照片，并配在“成群结队的江南地区的中国妇女被押往日军驻地遭凌辱、轮奸、和枪杀”的标题之处。最后，此事以该书停售、变更照片以及作者和出版社向各方致歉了结。
2014年，同样使用了该照片的本多胜一的《中国的日本兵》也被历史右翼刊物提出相同指责。本多胜一发表书面声明称“书中已经注明了所用照片的说明都来自中方的调查。不过的确有声音认为中方对照片的使用存在问题。例如何人何地何时拍摄不明，肆意附加政治性说明等。我们这些日本市民派对中方的这些作法不加批判地接受，会在日本国内授人以柄。至于那张照片，的确不知道《朝日俱乐部》发表时配置了不同内容的照片说明。确实是错误使用”。
戰時外國新聞媒體訊息傳播
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儘管當時歐洲戰事尚未爆發，西方和中国的新闻媒体几乎在第一时间就向全世界披露與日军宣傳截然不同的暴行真相，亲历大屠杀全过程的中国人和西方侨民则留下日军暴行不經審查的详细珍貴记录。
在撤退中留下的少部分美英等西方国家记者，最早向全世界报道日军在南京的暴行。在12月初日军向南京发动总攻的时候，在南京城有来自美国、英国、意大利等国的十几名新闻记者和摄影师，他们中的多数人随着帕奈号撤走，只剩下《纽约时报》记者都亭（F. Tillman Durdin）、《芝加哥每日新闻》记者斯蒂尔（Archibald T. Steele）等5人。12月15日，日军攻占南京2天之后，由于南京的对外通讯全部中断，这些西方记者为了尽早发出南京沦陷和日军大屠杀的独家报道，随美舰奥胡号离开南京前往上海。12月15日《芝加哥每日新闻》刊载斯蒂尔发自南京江面奥胡号的电讯，首先将日军屠杀的暴行大白于天下，斯蒂尔称：“离开南京之际，我们最后见到的场面是一群三百名中国人在临江的城墙前井然有序地遭处决，那儿的尸体已有膝盖高”。《纽约时报》在12月18日和次年1月9日发表都亭关于日军残杀数万中国战俘和平民的报道[111][112]
美国牧师约翰·马吉1937年用一架1930年代的老式16毫米摄影机拍摄共四盘放映长度达105分钟的电影胶片，这是迄今唯一记录南京大屠杀的影像。约翰·马吉在当时的信件中也有大量关于大屠杀的描写：“强奸妇女的行为已无法形容和想象”，“我能说的是，这个城市的每一个大街小巷都有死尸，我去了很多地方，包括下关地区。”[71]
南京安全区国际委员会总干事费区目睹日军在南京地区的暴行，将马吉牧师拍摄的记录日军暴行的胶片偷运到上海柯达公司，制作并带到美国各地放映，并在美国《读者文摘》上揭露日军违反国际战争法的暴行：“日本人从我们的宿营地抓人时，把手上有老茧和剃光头的，都当作当兵的证据，认为务必判以死刑。他们想要枪杀谁，就把谁拉出去。”
1930年代英国《曼彻斯特导报》驻华记者田伯烈1938年初撰写《外人目睹中之日军暴行》一书，第一次向世人公布日军南京大屠杀的真相，痛斥日军制造“现代史上破天荒的残暴记录”。
《拉贝日记》：1937年任南京安全区国际委员会主席的约翰·拉贝在日记中详细记录日军的暴行。
《魏特琳日记》
部分關於南京大屠殺的早期外媒報導
日期
記者
所載媒體
報導標題
來源
1937年12月18日
都亭（英语：F. Tillman Durdin）
紐約時報
BUTCHERY MARKED CAPTURE OF NANKING ALL CAPTIVES SLAIN Civilians Also Killed as the Japanese Spread Terror in Nanking大屠殺標誌南京淪陷｜俘虜盡數殺死｜日本人在南京散佈恐怖，平民亦遭殺害
[113][114]
1938年1月9日
都亭（英语：F. Tillman Durdin）
紐約時報
Japanese Atrocities Marked Fall of Nanking After Chinese Command Fled / NANKING INVADERS EXECUTED 20,000 / Mass Killings by the Japanese Embraced Civilians / Total of Chinese Dead Was 33,000 / THE CONQUERORS RAN WILD / Deep-Rooted Hatred Instilled by Barbarities / Burning by Chinese Caused Vast Loss中國長官撤離後日本暴行標誌南京陷落｜侵略南京者處決兩萬人｜日本大規模屠殺平民｜中國人共死33,000人｜征服者恣虐｜暴行下深仇漸生｜中國人縱火造成大量損失
[115]
1938年1月10日
生活
The Japanese Conqueror Brings "A Week of Hell" to China Nationalist Capital of Nanking日本征服者給中華民國首都南京帶來「地獄一週」
[116]
中国受害者的叙述
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大屠杀幸存者照片墙
2007年，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆开始建立历史证人个性化档案。共新建立档案12425份，包括39名外籍人士、103名原侵华日军老兵、2663名大屠杀幸存者和9620名大屠杀遇难者[117]。
李秀英，怀着7个月身孕，与3个日本兵搏斗身中37刀，在鼓楼医院收治并留下影像资料。她并赴日本进行对日索赔诉讼。于2004年12月4日6点10分在南京鼓楼医院逝世，享年86岁[118]。
夏淑琴，全家9口人被杀7口，她被刺伤后从死人堆裏爬出。
姜根福（1929年12月20日-2007年），弟弟被日本兵摔死，母亲因为反抗强奸而被开枪打死，父亲被抓走，二姐因反抗强奸被刀劈死。
崔金贵，亲眼见慈善团体崇善堂的收尸埋尸过程，并确定崇善堂在埋尸时有计数。
尚德义，1937年12月6日上午11时被日军抓获，同时与1000名以上的中国男子一起被机枪扫射，绝大多数当场死亡。他由于被尸体压住晕倒而幸免于难。
伍正禧，在南京新华巷62号避难时，其二哥伍正保、大表哥云馆、三表哥三云、表叔老王被抓走并枪杀。祖父被刀捅死，30岁的表娘被强奸。
邵翰珍，父亲邵锦晴、祖父邵才潮和舅舅任发和被日军枪杀。
皇甫泽生，保卫南京的一个士兵。被日军俘获后与几百人一起，在板桥镇一个山沟裏集体被日军用机枪射杀。日军在射杀后再用刺刀捅死幸存者。他和另一个重伤难友为仅存者。
孟宪梅，在淌水沟接水时，亲眼看到日军用多辆卡车把老百姓押到现在的汉中门新桥桥口下面用机枪射死。
陈光秀，在南京汤山镇许巷村，父亲被枪杀，包括弟弟在内的村里100多个年轻人被刺刀刺死。艾家四兄弟被扔到天空摔死。多名女性被强奸。母亲因为父亲和弟弟被杀导致忧郁而死。
刘文静，大方巷广场集体屠杀（一百多人）见证人。
天津工商银行退休职工、南京大屠杀幸存者刘钟铭当年在南京一家商铺当学徒，说道：“日本鬼子进城后见人就杀，城里到处都是尸体，载着日本兵的汽车就从尸体上开过去。那个惨景，我一辈子也忘不了。”
趙斌，生於1937年11月27日，出生17天即遭遇南京大屠殺，是年齡最小的大屠殺倖存者，2012年8月3日因病醫治無效逝世，享年75歲[119]。
日方的记录和证言
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侵华日军各级指挥机构当时的命令和军官的记录为直接物证：
攻占南京的日军第6师团司令部曾接到命令：“不论妇女儿童，凡中国人一概都杀，房屋全部放火焚烧。”
日军第16师团长中岛今朝吾的日记中也记道：“大体上不保留俘虏，全部处理之。”
日军第16师团第30旅团长佐佐木到一的作战记录《进攻南京纪实》。
侵华日军随军记者的报道、士兵的日记、证言也被列為南京大屠杀的证据：
侵入南京的日军第6师团辎重第6联队小队长高城守一日记中说，1937年12月14日，他看到南京下关江边：“尸体像漂流的木头被浪冲过来；在岸边，重叠地堆积着的尸体一望无际。这些尸体可能有几千、几万，数目大得很。”
日军第16师团老兵东史郎的日记（《东史郎日记》）为重要实证，例如他在1937年12月21日的日记中写道：“哭喊着的支那（中国）人被装进邮袋中，西本（日本兵）点着了火，汽油一下子燃烧起来。就在这时袋子裏发出一种无法言状的可怕的喊叫声。袋中人用浑身的力气使袋子跳了起来，自己滚动……手榴弹在水中爆炸了，水面一下子鼓了起来，然后平静下去。”
其他重要的日本兵日记还有：高岛市良日记、小原孝太郎日记、会攻南京的日侵略军第十六师团师团长中岛今朝吾的日记等。
《朝日新闻》记者本多胜一的著作《中国之旅》，记录“百人斩”等屠杀事件。
笠原十九司教授，日本国内研究南京大屠杀的权威学者之一，曾多次提供南京大屠杀证据（《侵略亚洲的日本军队》，大月书店出版）。